從五旬節那日起，聖靈便以教會作他的身體，這雖是奧秘，卻乃是真實的。此雖然與三位一體的第二位，主耶穌基督，「道成了肉身，住在我們中間」（約一14），不能等量齊觀。聖靈和教會的聯合，其情況乃不是完善的；可是照聖經所說，聖靈乃住在忠實的信徒裡面，「隨從聖靈的人，體貼聖靈的事；……體貼聖靈的乃是生命平安；……如果上帝的靈住在你們心裡，你們就不屬肉體，乃屬聖靈了。」（羅八5∼9）當初門徒對主耶穌基督敬服順從，我們現在對聖靈也當如此。因為聖靈乃是主真正的代表（Vicar），他乃是無形的主耶穌基督，乃與信徒們同在。當第一次耶路撒冷會議之時，在記錄中說，聖靈和我們同在乃幾如彼得，雅各，巴拿巴，掃羅和我們同在一樣。
當亞拿尼亞同他的妻子撒非喇，把銀價私自留下幾分，……其余的幾分拿來放在使徒腳前，「彼得說︰『亞拿尼亞﹗為什么撒但充滿了你的心，叫你欺哄聖靈，把田地的價銀私自留下幾分呢？……你怎么心裡起這意念呢？你不是欺哄人，是欺哄上帝了。』亞拿尼亞聽見這話，就仆倒，斷了氣；聽見的人都甚懼怕。」（徒五1∼5）這使我們看到，聖靈不但親自和聚會的信徒們同在，而且還是他們的權威和主宰，是會議的中心。「教會乃是主耶穌的化身。」我們這個概念，乃是我們參比基督與教會各種特質而得來的。主耶穌基督指稱他的身體為殿，曾激起了猶太人的辱罵憤怒。但是他所說的，不是象征的，乃是真實的。約翰福音第一章第十四節說，「道成了肉身，住在我們中間」，這住在中間一詞，原文乃為（Tabernacle），乃為神與人住的地方，而殿乃是上帝居住的所在，正如上帝賜恩寶座上面的榮光（the Shechinah），此乃為上帝臨在顯現的異象。所以我們的恩主從至聖所發出上帝的榮光，「正是父獨生子的榮光」，「充充滿滿的有恩典有真理」（約一14）。証明他乃是那至高者真實的寶殿。
在主耶穌升天，差遣聖靈降世以后，教會就成為上帝的殿。哥林多前書第六章第十九節說︰「豈不知你們的身子就是聖靈的殿么？這聖靈是從上帝而來，住在你們裡頭的……。」以弗所書第二章第二十至二十二說︰「你們……並且被建造在使徒和先知的根基上，有基督耶穌自己為房角石；各房靠他聯絡得合式，漸漸成為主的聖殿。你們也靠他同被建造，成為上帝藉著聖靈居住的所在。」奧秘的身體乃和教會之首一樣，均各被聖靈居住；因此，在某種意義上，上帝乃成為兩者的化身。基督乃是「上帝榮耀所發的光輝」，乃「是人未曾看見，也是不能看見的」，「上帝本體的真像」（參來一3；提前六16）。所以他「成了肉身」以后，可以對人說，「人看見了我，就是看見了父。」（約一四9）除了主耶穌成了肉身以外，沒有別的方法，可以使人不知道的上帝成為可知的；使人所不能看見的上帝成為可見的。所以當主耶穌基督升天，回到他父那裡去的時候，世人不能再看到他，他就差遣保惠師，使他化身為奧秘的身體，就是教會。正如天父藉著聖子顯現他自己；所以聖子也由聖靈藉著教會顯現他自己；正如基督是不能看見的上帝之真像，所以教會就被命定成為不能看見的基督的形像；而他的肢體，和他同得榮耀以后，就要作他本體的形像。
這乃是一個時代的奧秘和榮耀；但雖屬奧秘，卻是完全真實的；雖是榮耀，卻又完全實際的。聖靈的工作，在舊約時代乃和新約不同。在舊約時代，聖靈雖在信徒身上施展他的作為，但其本身，並未住在信徒裡面；他僅向人顯現，並不永遠常在他們裡面。他的作為乃是間斷的，他來來去去，正如挪亞從方舟裡放出去的鴿子一樣，乃是飛來飛去，沒有找到安息的地方。但在新約時代，他就住定下來，常在人的心裡面；他成了鴿子那樣的標記，當主「耶穌受了浸，隨即從水裡上來。天忽然為他開了，……上帝的靈，仿佛鴿子降下，落在他身上，……」（太三15、16）好似訂婚的人，聖靈仿佛去探訪他許配的人，但並未和她同在。要主耶穌基督進了榮耀之境，到了五旬節，最后始舉行結婚典禮，住在一起。