教會論的歷史，大率可分兩大時期︰一為改教運動以前；一為改教時期和以后。茲分敘之。
這又可分1．初期教父時期和2．中古時期︰
1．教父時期──承使徒餘緒的初期教父以及辯道學者，他們乃把教會視為至聖所，上帝的子民乃為上帝特選的產業。當初還沒有必要把聖徒特別標明出來。到了第二世紀的下半期始有顯著的改變。那時異端猖獗，就不能不把真正聖而公的教會的特征標明出來。這就要注意教會外在的表征。教會就被認為是一種外在的製度，由主教管轄，好比是使徒直接的繼任者，持有其真正的聖傳（Tradition傳統）。他們強烈的偏重教會的普遍性；地方教會被視為許多分開的單位，僅為一個普世教會的一部分。因此教會日趨俗化而敗壞。其弊所及，就發生一種反動，各種的邪道就乘時橫決︰其一為第二世紀中期的孟他努主義（Montanism）；其二為第三世紀中期的諾窪天主義（Novatianism）；其三為第四世紀初期的多納徒主義（Donatism），一味均以教會會友的聖潔作為真教會的標記。初期教父為著與這些邪道斗爭抗辯，就日形加強教會的主教製度。居普良（Cyprian）乃被譽為最初發揚主教教會學說的人。他認為主教乃為使徒真正繼任者；因著他們舍身犧牲的工作，說他們有祭司的品德。他們組成一種社團，稱為主教團，這就造成教會的合一；而教會的合一，乃是根據主教的合一。如果有不順從主教的，那就要喪? ╞L們與教會的團契；又因在教會以外沒有救恩，他們就因此也要失去他們的救恩﹗奧古斯丁對于教會的觀念，並不完全一貫，由于他和多納徒主義斗爭，使他對于教會的性質作更多的深思。一方面他表示他乃為預定論者（Predestinatian），他認為教會乃是被揀選者的集團（Communio Sanctorum）；誰有上帝的靈，因此真誠的愛心就在他身上表彰出來。聖徒在教會並非虛有其表的會友，而乃是一個有生命的成員。現在的教會乃是良莠不齊，真正的教會乃是聖而公之教會，藉著主教的繼承，使徒的權威得以繼續持承，教會乃為上帝恩惠的寶庫。
2．中古時期──煩瑣哲學或稱經院哲學家對于教會的學說，甚少論及，此乃由居普良和奧古斯丁，加以發揮，相當全備；但須再稍加修正，始能臻于盡善。羅馬天主教的歷史學家郎敦氏（Otten）說，這種學說，初乃由中世紀煩瑣哲學家肇其端。在天德會議（Council of Trent）以后即交卸給他們的繼任者。但是在若干點上，以后也偶加發揮。教會論雖未在那時有所闡發，但教會本身事實上卻大有發展。其發展的種子乃為居普良的教會觀；在某方面可以奧古斯丁為代表，教父的意見，被大家漠視。這並非說煩瑣哲學家完全否認屬靈的因素，而乃是因為他們未加重視。他們乃把教會視為一種外在的組織或製度。囂俄（Hugo of St.Victor）認為教會和國家，乃是上帝為著統治人民而製定的兩大權能；但是教會的任務乃為拯救世人，所以乃有更高的權威，國家乃僅謀世人現世的福利。君王乃為國家的元首，但是教皇乃是教會之首。教會裡面乃有兩種人，各有其妥為規定的權利與義務︰一種是牧師，乃是奉獻事奉上帝的，組成一個單位；另一種乃為平信徒，乃由各界的人構成，在教會裡乃是另外與牧師不同階級的人。這樣就使教皇製度的學說一步一步發展，結果乃使教皇成為一個絕對的君王。這種學說乃由天主教另外一種學說的推動，遂相得益彰，認為天主教會乃是上帝在地上的國度，所以羅馬主教的管轄區，就是在地上的國度。這種把有形的有組織的教會和上帝的國度等量齊觀，視為一物，乃發生許多重大的影響；（1）這就必令家庭與學校、科學與文藝、商業與工業、……等，都要受教會的管製；（2）世人一切得救的祝福，乃都由羅馬教會的法令，尤其是聖禮而來；（3）這乃使羅馬教會日趨世俗化，因為他們把政治比拯救罪人更為重視，最后教皇要主宰世上的統治者。
茲分改教運動時期和改教運動以后兩點，分敘如后︰
1．改教運動時期──改教運動者與羅馬天主教對教會的觀念，完全分裂，但是他們自己中間，在若干問題上，也有不同的意見。路德對于無誤的、教職階級製的教會，特殊祭司職，用聖禮施行救恩，都表示贊同。他認為教會乃是基督信徒屬靈的團契。他恢複所有信徒的祭司職。他維護教會合一論，但把教會分作有形的與無形的兩種。惟他又審慎的指出，這並非兩個教會，乃僅為同一個教會的兩面。無形的教會成為有形的，並非由于主教和紅衣主教的統治，也非由于教皇的領導，而乃由于遵行上帝的道。路德也承認有形的教會裡面的成員，乃是良莠不齊的，有敬虔的，也有邪惡的分子。但是在他反對羅馬天主教以教會統治國家一點上，他又趨于極端，教會除了傳揚主道以外，必須順服國家。再浸禮派（Anabaptists）不滿路德之說︰他們又複藐視有形的教會以及上帝賜恩的方法（Means of Grace神恩的媒介）。複次，他們又要將教會和國家絕對分開。
加爾文與改正宗神學家，和路德一致認為教會乃為聖徒的團契（Communio Sanctorum），不過他們乃不同路德宗那樣，注重教會客觀的條例和儀式；他們乃靠信徒主觀的交契，以求教會的合一與聖潔。他們也把教會分為有形的與無形的兩面，但是分法乃稍有不同。複次，他認為教會真正的標記，非僅在謹守遵行主的道，而複在忠實的持守履行教會的紀律。但是十七世紀的改正宗神學家雖有一種意念，認為教會要順服國家；可是他們乃不同路德宗，他們已經建立一種教會行政的方式，使教會有高度的自由和權能。但是無論是路德宗和改正宗神學家，乃都期望維持有形教會與無形教會之間正當的關系。十七世紀的蘇西尼派（Socinians）和阿敏念派（Arminians）的學者，他們雖口講無形的教會，但在實際上，乃完全忘卻何謂無形的教會。前者以為基督教乃僅一種可接納的道理。而后者則把教會作為一個有形的團體，除了傳揚福音以及訓勉會友以外，則把教會的權柄讓給國家。此外還有拉巴第派（Labadists）和敬虔派（Pietists）則適得其反，他們且有漠視有形教會之勢，對于那些良莠不齊兼做社會事業的教會，不放在眼中，而希望在秘密集會（Conventicles）中得到靈性的造就。
??? 2．改教運動以后──當十八世紀理性主義猖獗，一般人受了各種世俗學說的影響。不能了悟超自然的道理。由于啟蒙運動以后，所謂經驗主義的科學的人生觀和宇宙觀之一勃興，這種思想，經過了休謨、康德、達爾文學說的影響，便日形加強而發展。在這個時期以前，各種流行的人生觀和宇宙觀，還帶有超自然的特質；然而經驗主義的所謂科學的人生觀和宇宙觀，便根本異趣，乃是徹頭徹尾的自然主義的，他們丟棄了任何超自然的因素，一味遵照那呆板不變的自然力和自然法來機械地解釋整個宇宙現象，以及人類的宗教和道德問題，從而撇棄一切超自然的道理，因此便敵擋基督聖道。這對于教會論也發生極大的影響。一方面對信仰問題，漠不關心；一方面對于教會，缺乏熱忱。因此他們把教會和其他人類社會等量齊觀。監理會（methodism或稱衡理公會，美以美會）雖曾起而反對理性主義，但是他們對于教會論未作任何貢獻。他們雖一方面譴責教會，一方面卻和教會相處無間。施萊瑪赫（Schleiermacher）認為教會無非乃為信徒的集團，乃為同感一靈的信徒的身體。他不用有形的教會和無形的教會這些名稱夾分別教會；他發現教會的精義，乃在基督聖徒團契的精神裡面。上帝的靈愈是深入聖徒心靈裡面，聖徒便愈不覺自己? 垠n，愈不唯我獨尊，教會就愈少派別的紛爭。黎敕爾（Ritschl）不把教會分作有形的與無形的，而分為教會與天國；質言之，前者乃為有形的教會，無形教會乃為天國。他認為天國乃上帝子民的團體，行事為人，都以愛心為動機；教會乃為敬拜上帝的同一個團體。所以教會乃限于一種外形的組織，她唯一的任務，就是敬拜上帝，而這種任務的功能無非在使信徒彼此更為熟悉而親密。這種教訓，實乃遠悖新約聖經的道理。其弊所及，便流為一種新派神學思想，使教會變成一種人為的機構，不複為上帝建立的製度，而成為社會服務的中心。